50日以内にＤＩＯを倒さなければ、ホリィの命が危ない――。承太郎たちはＤＩＯを打倒するため、彼が潜んでいると思われるエジプトへの旅を開始する。道中の飛行機内、承太郎たちは再びＤＩＯの放った刺客と遭遇！それは、破壊と災害、そして旅の中止を暗示するという凶悪なスタンド「灰の塔（タワー・オブ・グレー）」であった。誰がスタンドを操っているのかも不明な状況下で、静かに動き出した花京院は…？